《甲铁城的卡巴内瑞》的故事背景设定在一个人与不死怪物卡巴内共存的世界。在这个世界中，卡巴内是由被钢铁皮膜包裹的心脏构成，只要心脏不被破坏，它们就不会死亡。被卡巴内咬伤的人会复生并开始攻击人类。为了对抗卡巴内，人们建造了名为“驿”的城寨，并在其中生活，通过装甲蒸汽机车（通称骏城）的运输来维持生活必需品的流通。

故事的主角生驹是住在显金驿的蒸汽锻冶少年，他为了打倒卡巴内发明了一种叫贯筒的武器。某天，一列穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿，但随后暴走，乘务员全部变成了卡巴内。生驹在战斗中受伤，但并未变成卡巴内，而是变成了半卡巴内半人的新物种——卡巴内瑞。卡巴内瑞拥有超越人类的体能，能保留人类的意识，需要喝人血，但不会伤害人命。

故事的高潮部分是生驹为了成为真正能闪耀光辉的男人，开始与卡巴内瑞的战斗，并希望能够抵达世界上最大的驿站——金刚郭，那里是世界上仅存的卡巴内研究所，可能存在治疗卡巴内瑞的方法。在这个过程中，生驹与无名和其他角色一起，面对卡巴内和人类的怀疑与排斥，为了生存而奋斗。

男主还昏迷那段期间，美马给他的心脏开了一枪，而且是发绿光，所以是那个时候，注入的，之前美马还保留了一个白血浆